В работе предложен детальный рентгенодифракционный анализ структур с множественными квантовыми ямами (МКЯ) AlN/GaN, выращенными на подложках AlN(0001). Было исследовано влияние шероховатости и вариации толщины слоёв квантовых ям и барьеров на 2$\theta‒\omega$-сканы, полученные в геометрии отражения по Брэггу для симметричных рефлексов. Показано, что наличие вариации толщины слоёв AlN и GaN по глубине приводит к появлению асимметрии сателлитных пиков МКЯ на 2$\theta‒\omega$-сканах. Наличие шероховатости приводит к симметричному расширению сателлитных пиков, что позволяет разделить влияние этих эффектов. Рассмотрено несколько причин асимметричного расширения сателлитных пиков: изменение толщины периода, изменение среднего параметра решётки периода, который зависит от соотношения толщин слоёв в периоде, и их комбинации. Эффективность разработанного метода показана с помощью численного моделирования.