Самоорганизованные индиевые наноструктуры получены на сверхвысоковакуумной поверхности скалывания (100) полупроводникового слоистого кристалла In$_4$Se$_3$. Небольшие скорости и длительности напыления индия использовались с целью исследования ростовой ориентации и природы наноструктур на поверхности (100)In$_4$Se$_3$, которые изучались с помощью сканирующей туннельной микроскопии (СТМ). Форма этих наноструктур непосредственно зависит от концентрации сверхстехиометрического индия в расплаве во время роста кристалла, изменяясь от трёхмерных островков при низкой концентрации до линейных форм, т.е. нанопроводов, в случае сильно легированных индием кристаллов. СТМ з высоким разрешением позволяет установить, что квазипериодические нанопровода растут вдоль оси $c$ кристалла In$_4$Se$_3$ на поверхности (100). С помощью сканирующей туннельной спектроскопии с пространственным разрешением установлена металлическая природа поверхностных наноструктур на полупроводниковой подкладке. Установлено, что механизм роста напылённых наноструктур обусловлен бороздчатой структурой решётки на поверхности (100) кристалла In$_4$Se$_3$ с наличием в ней зародышей индия в концентрации, зависящей от количества сверхстехиометрического ростового индия, который интеркалируется в межслоевую щель.